■相互作用する相手タンパク質を同定する効果的な方法

A）抗体による免疫沈降：

興味のあるタンパク質に対する抗体を用いて細胞抽出液を免疫沈降。ゲルで沈降物をゲル電気泳動して分子量で分け、タンパク質バンドを切り出して質量分析機で決定。

長所：最も実験が簡単。 短所：タンパク質に特異的な抗体を見つける必要がある

B）FLAGタグを付けて発現・免疫沈降：

特定のタンパク質にFLAGタグをつけてヒト細胞で発現させ、その細胞抽出液をFLAG抗体カラムを通して、細胞内結合タンパク質を取り出し、ゲル電気泳動して結合タンパク質バンドを切り出して質量分析機で同定する。

長所：発現の低いタンパク質も免疫沈降できる。短所：FLAGタグタンパク質の高発現により不自然に生じた結合タンパク質を掴む可能性がある。

C）組換えタンパク質による細胞抽出液中の結合タンパク質の精製と同定：

タンパク質全長や一部のドメインの組換えタンパク質をGST融合タンパク質として大腸菌や昆虫細胞に作らせて精製し、グルタチオンカラムに固定して細胞抽出液の中から結合タンパク質を精製し、ゲル 電気泳動をして得られたバンドを質量分析機で同定する。

長所：どのようなタンパク質もドメインなら作ることが出来、多量の抽出液から相互作用タンパク質を決めることができる。短所：このようにin vitroで得られた相互作用タンパク質はヒト細胞を用いたWesternで検証する必要がある。

■サービス概要・納期と価格

１）興味の対象となるタンパク質名あるいは遺伝子名をご連絡下さい。

タンパク質の性質やデータベース上の相互作用タンパク質の情報を調べた上で、特異的な抗体が入手可能か、 独自のドメイン検索を実施して、A, B, Cのどの方法がもっとも有効かをご連絡いたします（標準納期 １週間：無料）。

２）A, B, Cの実験のいずれを行う場合でも、注文者が実験を行われる場合は適切なアドバイスをいたします（無料）。

 実験を委託される場合は、納期は３ヶ月以内で１件30万円といたします。特許の関係で、使用する方法により市販キットの購入が必要な場合があります。

３）免疫沈降やカラム精製で得られた相互作用候補タンパク質を質量分析機で同定いたします

 （有料：タンパク質同定サービスをご覧ください。バンドが多い場合は減額いたします。ご相談ください。（標準納期：３週間）)

■発表論文

日本プロテオミクスが協力して発表したタンパク質相互作用の共著論文例
Scientific Reports 2020, doi.org/10.1038/s41598-020-78539-0,
Mol Neurobiol. 2020, doi: 10.10007/s12035-020-02057.
Mol Therapy, 2020, doi: 10.1016/j.ymthe.2020.02.006
Oncogene.2019,doi: 10.1038/s41388-018-0647-8

PLOS One., 2017 doi: 10.1371/journal.pone.0188320..   
MolCell Biol.2017, doi: 10.1128/MCB.0023717 2015., doi: 10.1016/j.molcel.2015.03.023.

MolCell,53, 2014, doi: 10.1016/j.molcel.2013.   
J. Biol. Chen. 2014, doi:10. 1074/jbc.M114.565945
J. Biol. Chem.2013, doi: 10.1074/jbc.M111.338996. 
Nat Genet.44, 2012, doi: 10.1038/ng.2228.
EMBO J.30, 2011, doi: 10.1038/emboj.2010.2 
MolCell.2010, doi: 10.1016/j.molcel.2010. 

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